Hans III. Fünfkirchen übernimmt 1538 die Grafschaft Falkenstein, er gilt selbst als Anhänger der Wiedertäufer. So wurde Steinebrunn eines der niederösterreichischen Zentren der Bewegung. Sogar Peter Riedmann, neben Hutter einer der Mitbegründer dieser Konfession, predigte im Steinebrunner Brüderhof. Zahlreiche aus direkt dem Landesfürsten Ferdinand I. unterstehenden Orten und Städten vertriebene Täufer siedelten sich hier an.
Der Überfall auf Steinebrunn
Am 6.Dezember 1539 überfielen Soldaten König Ferdinand I. die Täufergemeinde Steinebrunn und führten alle Täufer - Männer, Frauen, Kinder, Greise, insgesamt über 150 Personen - in Ketten zur "peinlichen Befragung" in die Burg Falkenstein, wo sie sechs Wochen lang verhört werden. Im Jänner 1540 werden die Familien getrennt, die Männer paarweise gefesselt abgeführt. Die Frauen und Kinder werden zwar entlassen, die alten Männer und Knaben über 14 bleiben aber als Gefangene auf der Burg.
Über Wien, Gloggnitz und Graz werden die gefesselten Männer nach Triest geführt um auf den Galeeren des kaiserlichen Admirals Andrea Doria als Rudersklaven zu dienen. Nach elf Tagen in einem Triestiner Gefängnis gelingt ihnen aber die Flucht. 20 werden in Laibach erkannt und wieder auf die Galeere verschafft wo sie elendig zugrunde gehen. Die anderen schaffen es aber zurück nach Steinebrunn zu ihren Familien.
Hans III. schützt weiterhin die verbliebenen Täufer in seinem Herrschaftsgebiet. Er wandelt die Kirche in Steinebrunn in ein Brauhaus und den Pfarrhof in ein Presshaus um. 1544 und 1559 besuchen kirchliche Visitatoren die Herrschaft Steinebrunn, Hans III. und seinem Falkensteiner Pfarrer Wirisch - wie er Wiedertäufer - gelingt es aber unter dem toleranten Kaiser Maximilian II. abzuwiegeln.
Um 1580 setzt jedoch die Gegenreformation ein, nach dem Sieg der katholischen Habsburger bei der Schlacht am Weißen Berg 1621 mit voller Härte. 1622 werden die letzten Täufer endgültig ausgewiesen, viele ziehen in die Westslowakei (wo sie als "Habaner" bekannt sind) bzw. weiter nach Osten. Im 19. Jhdt. wandern die meisten in die USA bzw. Kanada aus.